En cuanto a la división política de la región de Yucatán, el primer cambio significativo ocurrió el 11 de mayo de 1858, cuando el distrito de Campeche se transformó en un estado independiente de Yucatán.
Al surgir México como un país independiente quedó establecido que esta área del nuevo país formaría parte del Estado de Yucatán, etapa que duró casi 80 años, en la que alrededor de 50, fueron de enfrentamientos entre quienes aquí residían y quienes lo hacían en el poniente de la península yucateca.
Recordar en este período a los héroes de la lucha de la Independencia, Doña Leona Vicario y su esposo Andrés Quintana Roo, a quien honramos llevando orgullosamente su nombre, protagonistas, que como escribiera Carlos Pascual “No eran militares, no ostentaban grados del ejército y dudo que cualquiera de los dos haya empuñado jamás una pistola. Pero es que sus armas eran mucho más peligrosas. Sus armas eran las palabras, sus pensamientos, sus bayonetas y sus preclaros razonamientos eran esgrimidos con la misma maestría con las que un espadachín maneja el florete.”
El 30 de julio de 1847, da inicio uno de los conflictos con mayor resonancia en la historia de esta entidad, la "Guerra de Castas" que consistió en la rebelión de los indígenas mayas y en contra de las familias de mestizos y blancos.
Esta sublevación presenta características peculiares. En primera instancia, mientras que otros alzamientos fueron sofocados relativamente con rapidez o incluso en unos cuantos días, éste duró más de medio siglo, periodo en que los mayas que habitaban la parte oriental de Yucatán resistieron todos los intentos de pacificación; además, sus bases siguen vivas hoy en día. Este hecho lo convierte en uno de los acontecimientos históricos más complejos de su género. Aunado a sus implicaciones políticas, económicas y sociales, a lo largo de los años los elementos religiosos del levantamiento, centrados fundamentalmente en torno al culto de la “Cruz Parlante”, se organizaron en una nueva iglesia maya, con su culto y su ritual propios, y a la fecha no se puede separar la importancia religiosa de este culto, de su aspecto combativo y de resistencia. (Valverde M., Arqueología Mexicana, N° 111)
El 5 de mayo de 1901, las fuerzas federales del Gral. Ignacio Bravo ocuparon Chan Santa Cruz, capital de los federales mayas, dando fin a la Guerra de Castas. Aunque la guerra terminó oficialmente en 1855. El 4 de noviembre de 1901, el congreso separa el área que ocupaban los rebeldes mayas y la convierte en el territorio de Quintana Roo.
Es en este período que surge la lucha social de los mayas para defender su libertad y sus creencias, protagonizada por Cecilio Chi y Jacinto Pat, y por quienes continuaron esta batalla conocida como Guerra de Castas, como Jacinto Canek, María Uicab y José María Barrera, así como por quien gobernaba entonces el Estado de Yucatán, Miguel Barbachano.